먼저 답부터 볼게요

통관 때 낸 관세와 부가세를 모두 매입세액으로 공제할까?

수입 과정에서 낸 관세는 물품 원가 등에 반영할 항목이고, 세관장이 발급한 수입세금계산서의 수입 부가세는 과세사업 사용 등 공제요건을 충족하는 범위에서 매입세액 공제를 검토합니다.

관세사 정산서의 총액만 보고 부가세 신고서에 넣지 말고 수입신고필증, 납부영수증과 수입세금계산서의 과세표준·세액을 각각 맞춥니다.

먼저 챙길 자료

통관 건별로 맞출 자료

수입신고필증, 수입세금계산서, 관세·부가세 납부영수증, 해외 송장과 입고자료를 통관번호로 묶습니다. 환급·수정수입세금계산서가 있다면 최초 자료와 함께 보관합니다.

  • 수입신고필증
  • 수입세금계산서
  • 세금 납부영수증
  • 송장·입고자료
수입신고서와 수입세금계산서를 대조하는 회계 담당자AI로 생성된 이미지
기준일과 거래·지급 자료를 함께 대조하면 적용 범위를 더 정확히 확인할 수 있습니다.

이 순서로 해보세요

부가세 신고 반영 순서

통관번호와 수입자를 확인하고 수입세금계산서 세액을 조회합니다. 실제 입고·사업사용을 대조한 뒤 공제 가능 세액만 신고하고 관세와 부대비용은 원가·비용으로 구분합니다.

01통관

번호·수입자

02세액

계산서 대조

03용도

과세사업

04반영

부가세·원가

사실관계 확인부터 신고·장부 반영과 기록 보관까지 이어지는 기본 흐름입니다.

여기서 많이 헷갈려요

관세와 수입 부가세의 차이

관세는 수입물품에 부과되는 세금이고 수입 부가세는 국내 부가세 신고에서 매입세액 검토 대상이 될 수 있습니다. 통관 대행사가 대신 납부했더라도 수입자 명의와 최종 정산을 확인합니다.

관세

원가 검토

수입부가세

공제 검토

대행료

별도 증빙

수정

세액 증감

같은 이름의 거래라도 시점과 사용 목적, 법정 예외에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.

실제로는 이렇게 봐요

관세사에게 통관비를 한 번에 송금했다면

정산서에서 관세, 수입 부가세, 대행수수료와 운송비를 분리합니다. 각 항목의 증빙 발급자를 확인해 수입 부가세는 수입세금계산서와, 수수료는 국내 세금계산서와 연결합니다.

항목증빙반영
관세납부영수증원가 검토
수입 부가세수입세금계산서공제 검토
대행료국내 세금계산서비용·공제

마지막으로 이것만은

관세사 정산서만으로 공제하지 마세요

명의 오류, 사후 가격조정과 수정수입세금계산서는 공제 시기와 금액에 영향을 줄 수 있습니다. 이 글은 2026년 9월 15일 기준 일반 안내이며 통관 유형과 사용 목적을 관세청·국세청 또는 세무전문가에게 확인해야 합니다.

01수입자 명의
02통관번호
03사업용도
04수정 여부
마감하기 전에 아래 항목이 서로 맞는지만 한 번 더 살펴보세요.

자주 묻는 질문

실무에서 자주 묻는 내용

관세도 부가세 신고에서 공제되나요?

관세와 수입 부가세를 구분하며, 매입세액 공제 검토 대상은 수입세금계산서의 부가세입니다.

DHL이 대신 낸 세금도 가능한가요?

수입자 명의의 수입세금계산서와 대납 정산자료를 확인합니다.

수입품을 면세사업에 쓰면 어떻게 되나요?

공통매입 또는 면세사업 관련 불공제·안분 규정을 검토해야 합니다.

더 확인하고 싶다면

공식 기준 바로가기